项目与案例

蛋白结合位点去溶剂化效应的研究与SPA-DB数据库的建立

       北京生命科学研究所开发了蛋白水合效应分析程序(SPA),并准备将PDB蛋白结构数据库中所有的蛋白—配体结合位点都进行SPA计算分析。由于计算量很大,北京生命科学研究所将此项目汇聚到中国科技云,以便借助中国科技云提供80台云主机、8´105个CPU节点小时和4´104个GPU节点小时的计算资源来完成计算,从而首次在国际上建立结构基因组水平的水合效应分析数据库SPA-DB,并提供给科研学术领域的研究人员免费使用,一方面提高对蛋白结合位点水分子性质的认识和理解,进而开发出更高效、更精确的水合效应计算方法,另一方面将助力基于靶标结构的药物分子设计。
       此项目研究过程中所使用的SPA 2.0软件和SPA-DB 均将汇聚到中国科技云,为广大科研工作者提供查询、下载、计算服务。