国家微生物科学数据中心建立了微生物领域完善的数据体系，数据内容覆盖微生物资源、研究过程及工程、微生物组学、微生物技术、合成生物学等交叉学科以及微生物文献、专利、专家、成果等知识库，重点推进微生物领域科技资源向国家平台汇聚与整合，为科学研究、技术进步和社会发展提供高质量的科学数据资源共享服务。
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